Introduction

Depuis la première émergence du SRAS-CoV-2 fin 2019, de nouveaux variants du virus continuent d'émerger, entraînant des changements dans la sévérité de la maladie, compromettant l'efficacité de la vaccination et des traitements. Conformément aux recommandations internationales pour la surveillance génomique des agents pathogènes, le Burkina Faso a mis en place un système national de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 adapté à son contexte pour suivre la dynamique du virus dans le pays. Nous décrivons ici la mise en place de ce système.
Méthodes

Sous l'impulsion du Ministère de la Santé (MoH), l'ensemble des acteurs techniques et financiers a élaboré et adopté un guide national de surveillance des variants du SARS-CoV-2 au Burkina Faso. Il décrit l'organisation des prélèvements, le transport des prélèvements, le réseau des laboratoires, les moyens de diagnostic selon le plateau technique de chaque laboratoire, la bioinformatique, la gestion et l'exploitation des données.
Résultats

Le système de surveillance génomique du SRAS-CoV-2 au Burkina Faso a été intégré au réseau national des laboratoires de diagnostic du SRAS-CoV-2. Les échantillons sont prélevés dans les sites sentinelles, les centres de dépistage et les centres de prise en charge par niveau de soins et répartis dans les deux grandes villes du pays (Ouagadougou et Bobo- Dioulasso). Les échantillons positifs sont envoyés pour dépistage PCR aux laboratoires de référence affiliés. Le séquençage est réalisé au Centre Muraz et au laboratoire du CHU de Souro-Sanou à Bobo-Dioulasso. L'analyse et le stockage des données de séquençage sont prévus sur le serveur de la plateforme bioinformatique de l'Université Joseph Ki-Zerbo de Ouagadougou. La coordination est assurée par le laboratoire de référence sur la grippe qui partage les données aux niveaux national et international.
Conclusion

La surveillance des variants du SRAS-CoV-2 au Burkina Faso est bien conçue et intégrée dans la surveillance de routine de la maladie. Cependant, il doit être plus opérationnel en fournissant des réactifs et d'autres intrants de laboratoire pour effectuer davantage de séquençage et de partage de données.

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