Les virus à ADN monocaténaire codant pour une protéine associée à la réplication circulaire (CRESS) sont devenus l'un des groupes de phytovirus les plus importants et les plus dévastateurs. Ces virus connus à ce jour ont été caractérisés à partir de cultures. Néanmoins, on pense qu’ils ne représentent qu'une faible fraction de la diversité existante et qu'ils sont issus de virus infectant des plantes sauvages. Cependant, l'identification d'hôtes ou réservoirs alternatifs a été peu négligée. Afin de décrire toute la diversité des virus à ADN CRESS associée aux plantes sauvages et cultivées au Burkina Faso, nous avons échantillonné dans deux localités suivant un protocole métagénomique conçu pour les virus à petits ADN circulaires. Au total, 1068 échantillons ont été prélevées sur respectivement 202 et 866 plantes cultivées et sauvages. Cent quatre-vingt-treize (193) plantes (25%) ont été détectées comme positives avec des taux plus élevés pour les plantes cultivées (50%) que pour les plantes sauvages (15%). Cinq et douze espèces cultivées et sauvages étaient respectivement hôtes de virus à ADN CRESS. Au moins une, quatorze, sept et quatre espèces respectivement de mastrevirus, begomovirus, alphasatellites et tolecusatellites ont été découvertes dans notre étude, respectivement. Fait important, ces espèces comprenaient des virus déjà décrits avec de putatives nouvelles espèces. Les cartographies de communautés virales construites à partir d’analyses d'associations virus-hôte et virus-virus ont montré des liens étroits entre les cortèges de virus trouvés associés à des espèces végétales cultivées et sauvages. Il s'agit du premier effort pour évaluer les interactions virus-hôte et virus-virus à l'échelle des systèmes agro-écologiques en Afrique de l'Ouest. Une analyse plus approfondie de nos réseaux a montré la présence d'imbrication et de modularité. Ces résultats confirment la nécessité de poursuivre les études sur la structure des communautés pour une meilleure compréhension du système virus-plante.

Diversité, virus, ADN circulaire, nestedness, modularité